Nơi đây đã in nhiều dấu ấn của cuộc đời thơ ấu của Ngài, và hình ảnh Ngài cũng đã để lại trong lòng giáo dân Phủ Cam nhiều tình cảm sâu đậm. Ngôi Từ đường của song thân Ngài hiện do Giáo xứ quản lý và coi sóc cũng là nơi lưu giữ biết bao kỷ niệm của cuộc đời Ngài. Mỗi khi có những vị khách quí từ Tòa Thánh đến thăm Tổng Giáo phận Huế đều đến viếng thăm với tâm tình ngưỡng mộ lòng đạo đức không chỉ của riêng Ngài mà còn của cả gia đình dòng tộc.
Theo chương trình dự kiến thì Thánh lễ sáng hôm nay sẽ do Đức Tổng Giám mục Giuse chủ tế, nhưng Ngài đang bận công tác mục vụ không về kịp. Nhưng mọi sự đều có Chúa an bài, và cũng là nhờ lời chuyển cầu của Đấng Đáng Kính: Đức Cố Hồng Y Phanxico Xavie, mà sáng hôm nay lại có hai Giám mục dâng Thánh lễ đồng tế.
Đoàn đồng tế tiến lên trước bàn thờ Đức Cố Hồng y và kính cẩn niệm hương. Trước khi đi vào Thánh lễ, Cha Quản xứ Anton Nguyễn Văn Tuyến giới thiệu với cộng đoàn Đức Cha Giuse Trần Văn Toản chủ tế là Tân Giám mục phó Giáo phận Long Xuyên, và Đức Cha Giuse Đặng Đức Ngân, Giám mục Giáo phận Đà Nẵng. Cùng đồng tế có Cha Tổng Đại diện Giáo phận Huế Anton Dương Quỳnh, quí Cha tháp tùng hai Đức Cha. Quí Cha trong Giáo phận. Hiện diện và hiệp dâng lời cầu nguyện có bà con linh tông và thân tộc của Ngài từ nơi xa về cũng như hiện đang sống tại Phủ Cam, cùng đại diện tu sĩ nam nữ các Hội Dòng tại Huế.
Trong bài giảng lễ, Đức Cha Giuse Đặng Đức Ngân chia sẻ với một tâm tình hết sức đặc biệt về Đức Cố Hồng y Đấng Đáng kính:
Trong tinh thần uống nước nhớ nguồn, sự hiệp thong sâu xa của cộng đoàn dân Chúa Giáo phận cùng hiện diện trong ngôi Nhà thờ Chính tòa này, để hiệp dâng Thánh lễ cầu nguyện cho Đức Cố Hồng y Phanxico Xavie Nguyễn Văn thuận, Đấng Đáng kính trong ngày lễ Giỗ lần thứ 15 của Ngài. Chúng ta dâng lên Thiên Chúa lời cầu xin chân thành và sốt sắng cho Đấng Đáng kính sớm được phong Chân phước, người chủ chăn can đảm với Đức Tin và tình yêu hết mình vì đàn chiên của Chúa.
Đức Cha cũng đã ôn lại một phần lịch sử của Đức Cố Hồng Y: Ngày 13 tháng 4 năm 1967, khi đang là Tổng Đại diện Tổng Giáo phận Huế, Giám đốc Tiểu Chủng viện Hoan Thiện. Cha Phanxico Xavie được Đức Thánh Cha Phaolo VI bổ nhiệm làm Giám mục Việt Nam tiên khởi của Giáo phận Nha Trang. Khẩu hiệu của Ngài là “Gaudium et Spes” (Vui mừng và Hy vọng), tên của Hiến chế Mục vụ của Công đồng Vaticano II. Sau 8 năm coi sóc Giáo phận Nha Trang, ngày 24 tháng 4 năm 1975, Ngài lại được Đức Thánh Cha Phaolo VI bổ nhiệm làm Tổng Giám mục phó Tổng Giáo phận Sài Gòn. Ngày 7 tháng 5 năm 1975, Đức Tân Tổng Giám mục phó Phanxico Xavie rời Giáo phận Nha Trang đến nhận nhiệm vụ mới tại Sài Gòn, nhưng Ngài bị ngăn trở và không thể thi hành nhiệm vụ mà Tòa Thánh trao phó. Ngài bị quản chế 13 năm , ẩn mình trong thinh lặng khi thì nơi này, lúc nơi khác. Ngài luôn tỏ ra vâng phục trong bình an và hy vọng dựa trên Tahnsh ý của Thiên Chúa. Trong suốt cuộc hành trình đầy chông gai thử thách đó, Ngài luôn xem tất cả mọi người là bạn, xem mọi biến cố là kinh nghiệm quý báu, vì tất cả đều là Hồng ân của Thiên Chúa.
Đức cha kể lại trong thời gian Đức Hồng Y bị giam giữ, Ngài cùng với Đức Hồng y Trịnh Văn Căn vào thăm, được Đức Hồng Y chỉ dạy rất nhiều. Đức Cha được thụ phong linh mục vào năm 1987 và được giao trọng trách làm thư ký Tòa Tổng Giám mục Hà Nội, thì đến năm 1988, khi Đức Hồng y Trịnh Văn Căn bảo lãnh Ngài về ở tòa Tổng Giám mục Hà Nội. Trong suốt 3 năm, Đức Cha đã được Đức Cố Hồng Y Phanxico Xavie thường xuyên chỉ bảo, dạy dỗ rất nhiều, chính vì thế Đức Cha có nhiều kỷ niệm với Ngài.
Sau khi qua Roma chữa bệnh và ở lại đó, năm 1994 Đức Cố Hồng Y Phanxico Xavie được Đức Giáo hoàng Gioan Phaolo II bổ nhiệm làm Phó Chủ tịch Hội đồng Giáo hoàng về Công lý và Hòa bình. Ngày 24 tháng 6 năm 1998, Ngài được bổ nhiệm làm Chủ tịch Hội đồng thay Đức Hồng y Roger Etchegaray. Ngài đã được Chúa gọi về ngày 16 tháng 9 năm 2002. Đức Cha nhắc lại lời Đức Thánh Giáo hoàng Gioan Phaolo II trong bài giảng lễ tại Thánh lễ an táng của Đức Cố Hồng y như sau:
“Trong lúc chào vĩnh biệt Người Sứ giả anh hùng của Chúa Kitô, chúng ta hãy cảm tạ Chúa vì đã cho chúng ta, nơi con người của Đức Hồng y, một tấm gương sáng ngời về đời sống tín hữu Kitô, phù hợp với Đức Tin, đến độ tử đạo. Ngài (Đức Hồng Y Phanxico Xavie) đã hiểu nền tảng của đời sống Kitô hữu là “Chọn một mình Chúa mà thôi” như các Thánh Tử đạo Việt Nam đã làm trong thế kỷ trước. Chúng ta được mời gọi rao giảng cho tất cả mọi người “Tin mừng và Hy vọng”, và Đức Hồng y giải thích rằng: Chúng ta chỉ có thể chu toàn Ơn Gọi ấy với sự hy sinh quyết liệt, dù phải chịu những thử thách cam go nhất. Đây không phải là sự anh hung, mà là sự trung thành chín chắn, hướng cái nhìn về Chúa Giêsu là mẫu gương cho mọi chứng nhân và mọi vị tử đạo. Một gia sản cần được đón nhận mọi ngày trong cuộc sống đầy yêu thương và dịu hiền.”
Sau Thánh lễ, Đức Cha Chủ tế xác nhận trước cộng đoàn, chính Ngài là một chứng nhân của phép lạ mà Ngài đã cầu nguyện với Đức Cố Hồng y Phanxico Xavie, và Ngài sẵn sàng làm chứng về những ơn mà Ngài đã được lãnh nhận từ nơi Đức Cố Hồng y.